The guards gesticulated that he had better not linger there. He shook his head.
查《现代英语用法词典》(p.3990) shake one's head 意为：“摇头”“不以为然”。查《最新高级英汉词典》(p.997), shake one's head 意为：摇头（对某事表示不赞成）。据此，我将上面的句子译为：警卫人员作手势，示意他不要在那里逗留。他摇了摇头，没有同意。
点头或摇头，在不同的民族里有着不同的含义。例如，我在保加利亚时，发现保加利亚人用摇头表示同意，而用点头表示不同意。英国人和美国人虽然在这方面跟我们中国人并不完全相反，但也存在着一些差异。弄清这些差异，对于正确的理解和翻译英文原文具有很重要的意义。首先我们要弄清中国人和英美人在什么情况下点头或摇头。中国人点头或摇头完全决定于对问话的赞同(肯定)或不赞同(否定)，也就是说，当用“是”的时候点头，当用“不”的时候“摇头”。例如：
“难道他不懂俄语？”
“是的，他不懂。”(赞同，点头)
“不,他懂。”(不赞同,摇头)
而英美人点头或摇头完全决定于答话人本人言语行为的肯定性(肯定句)或否定性(否定句)，而不管答话人是否赞同问话人的陈述。
“Doesn’t he know Russian?”
“No, he doesn’t.”(答话本身为否定句,用 no,摇头)
“Yes, he does.”（答话本身为肯定句，用 yes，点头）
不难发现,中国人和英美人的点头或摇头所表达的意义有时候是相反的,即英美人的摇头有时候正是表达中国人的赞同。
现在回过头来讨论你所提问的句子。因为这个句子里有 had better not 这样的否定形式，所以 He shook his head 是表示赞同的意思，因此应按照汉语习惯译为“他点了点头（表示同意）”。(参见 no )